Comment garder un cahier de laboratoire

Où ai-je mis ce morceau de papier? Quand ai-je fait cette expérience? Où ai-je enregistré ce fichier de données? Si vous vous trouvez souvent à la recherche d’une information critique que vous avez consignée pendant que vous effectuez votre expérience, en essayant de vous rappeler quand vous avez fait quoi ou en parcourant votre disque dur pour trouver le bon fichier, il est peut-être temps de revoir la façon dont vous conservez vos notes de recherche. Que vous travailliez au banc, sur le terrain ou en théorie, vous devez garder une trace de ce que vous faites afin que vous — et les autres — puissiez y revenir lorsque cela est nécessaire.

Il existe plusieurs outils disponibles au-delà du cahier papier traditionnel pour aider les scientifiques à documenter leurs travaux et leurs progrès, mais la façon de garder un bon cahier est rarement enseignée. De nombreux instituts de recherche, organismes de financement et associations professionnelles ont des exigences ou proposent des lignes directrices. Mais en plus de vous assurer que vous n’enfreignez aucune règle, il y a souvent de la place pour la créativité et les préférences personnelles — à condition que la prise de notes soit efficace. Carrières scientifiques a demandé à des chercheurs de diverses disciplines et étapes de carrière de partager les conseils et les stratégies qui leur conviennent. Leurs réponses ont été modifiées pour plus de clarté et de brièveté.

Tenir un cahier de recherche est souvent considéré comme une corvée. Pourquoi est-il important d’y consacrer suffisamment de temps et d’efforts?

Les cahiers de laboratoire sont comme aller chez le dentiste — personne ne l’aime, mais si vous ne le faites pas, toutes vos dents tomberont. Les cahiers de laboratoire sont la ressource la plus utile que vous pouvez créer vous-même dans le laboratoire, et en créer un bon nécessite un peu d’effort tous les jours. Une fois que vous avez pris l’habitude et que vous avez un système que vous aimez, cela devient moins onéreux.
– Caroline Bartman, boursière postdoctorale en métabolomique quantitative à l’Université de Princeton

Mon carnet de laboratoire garde une trace de toutes mes expériences de recherche et de tous mes échecs et optimisations. C’est un excellent outil pour maintenir la rigueur et la reproductibilité — si je ne me souviens pas comment j’ai fait une expérience ou comment j’ai analysé les données, toutes ces informations sont dans mon cahier. Cela facilite également les choses pour vos futurs collègues de laboratoire qui pourraient avoir besoin de faire une expérience similaire et qui veulent voir ce que vous avez déjà essayé.
– Maiko Kitaoka, candidate au doctorat en biologie moléculaire et cellulaire à l’Université de Californie à Berkeley

Le fait d’avoir enregistré avec diligence mes étapes expérimentales m’a aidé à donner un sens à certains résultats. Noter ce qui s’est passé un jour précis peut vous indiquer si certaines données sont aberrantes en raison de facteurs environnementaux tels qu’un changement de température. Au fil du temps, mon carnet de laboratoire a également évolué pour devenir un outil permettant de suivre mes idées. Vous ne voudrez peut-être pas changer votre conception ou votre méthode en plein milieu d’une expérience, mais votre ordinateur portable est l’endroit idéal pour noter ce que vous voudrez peut-être essayer ensuite.
– Valentina Ferro, Ph.D.- titulaire en physique expérimentale et illustrateur scientifique freelance à Seattle, Washington

Dans un domaine théorique comme le mien, un cahier est essentiel pour suivre mes tentatives de résolution d’un problème. Sans notes bien écrites, je ferais probablement les mêmes calculs plusieurs fois. Un cahier est également utile pour partager mes approches et mes résultats avec les collaborateurs.
– Matteo Falessi, chercheur postdoctoral en physique des plasmas au Centre de recherche ENEA Frascati en Italie

Revenir à des données anciennes sans documentation solide peut être un peu comme une expédition d’archéologie. Un bon cahier permet de voir rapidement quelles expériences ont été faites et avec quels objectifs, de réévaluer les anciennes données à la lumière des nouvelles découvertes et de reprendre le travail là où vous l’avez laissé. Plus largement, les bonnes notes permettent la reproductibilité de la recherche; fournissent des preuves écrites que tout a été fait de manière claire, transparente et éthique; et fournissent une justification pour expliquer pourquoi certains choix de recherche ont été faits.
– Caroline Lynn Kamerlin, professeur de biologie structurale à l’Université d’Uppsala en Suède

Si vous rédigez un document des mois, voire des années après la fin des expériences, votre cahier de laboratoire contiendra tous les détails dont vous avez besoin pour décrire avec précision vos méthodes et résultats. À un moment donné de votre carrière, vous devrez peut-être également l’utiliser pour prouver qu’une idée était vraiment « la vôtre » ou pour revendiquer votre propriété intellectuelle. De plus, en cas d’accusations d’inconduite scientifique, votre carnet de laboratoire sera un élément indispensable de l’enquête. En fin de compte, le cahier de laboratoire agira comme le grand livre de votre carrière et fera partie de votre héritage en tant que scientifique. Ne le négligez pas!
– Jeremy C. Borniger, chercheur postdoctoral en neurosciences à l’Université de Stanford à Palo Alto, Californie

Utilisez-vous un cahier papier traditionnel, des outils numériques ou une combinaison?

J’aime utiliser un cahier manuscrit, même si la plupart des données que je produis sont numériques. J’enregistre aussi parfois des détails techniques – tels que des paramètres d’acquisition spécifiques sur des microscopes ou les expériences que j’ai regroupées pour créer une figure — dans des fichiers texte où je peux les trouver le plus facilement. Un défi avec un cahier papier traditionnel, cependant, est qu’il n’est pas toujours facilement consultable, donc j’utilise les premières pages pour maintenir une table des matières et je recoupe mes fichiers de données numériques aussi souvent que possible.
– Kitaoka

Je trouve un cahier de laboratoire électronique tellement meilleur qu’un cahier papier. Il est consultable, donc je peux facilement récupérer des enregistrements d’expériences que j’ai faites il y a des années ou les parcourir pour trouver des détails clés. Je ne le détruirai jamais en renversant accidentellement un bécher d’éthanol. Et, tant que vous le sauvegardez, c’est impossible de perdre. De plus, je dois le remplir à mon bureau sans gants, ce qui m’oblige à consacrer du temps à cela.
– Bartman

J’utilise un cahier papier depuis le tout début de ma carrière de chercheur, mais au fil du temps, j’ai dû adapter ma stratégie car je me suis perdu dans toutes ces pages. Aujourd’hui, j’utilise mon carnet de laboratoire uniquement pour noter des notes rapides au fur et à mesure. Tous mes protocoles optimisés, mes données brutes et mes analyses sont stockés sur l’ordinateur. Je recoupe les entrées de mon carnet et les fichiers informatiques en utilisant la date et une brève description de chaque expérience. De plus, je trouve utile de conserver un cahier de recherche séparé pour des questions plus larges telles que la conceptualisation d’une expérience, la rédaction d’un manuscrit, l’organisation d’une réunion ou la prise de notes lors d’une conférence.
– Karine Salin, chargée de recherche permanente en physiologie de l’environnement à l’IFREMER à Plouzané, France

J’ai plus d’idées sur le papier, donc au départ je voulais avoir un cahier traditionnel à tout prix. Mais je travaillais sur plusieurs projets et j’avais besoin que mon cahier soit consultable et taggable pour garder une trace plus facilement. L’idéal pour moi était d’utiliser un ordinateur portable numérique comme Evernote avec la possibilité d’inclure des instantanés de notes traditionnelles au stylo et sur papier, ainsi que les scripts de codage et d’autres fichiers et images numériques que j’ai générés. De plus, avoir l’application sur mon téléphone signifiait que je pouvais enregistrer des notes vocales en marchant si j’avais une idée que je voulais essayer plus tard. Cependant, avec un cahier numérique, il est presque impossible de trouver des choses que vous avez oubliées comme vous le feriez en feuilletant simplement les pages de votre cahier papier. J’ai surmonté le problème en étiquetant tout ce qui était légèrement moins pertinent pour les expériences — par exemple, des idées non liées et d’autres questions à poursuivre — avec l’étiquette « aléatoire » afin que de temps en temps je puisse les parcourir à la recherche d’inspiration.
– Ferro

Un cahier en papier suffit pour la plupart de mon travail. Cependant, je m’assure de créer une sauvegarde numérique de toutes les notes en prenant une photo à l’aide de l’application Genius Scan ou en les écrivant dans Microsoft Word. J’ai aussi un dossier d’ordinateur où je stocke tous mes protocoles standard afin de pouvoir simplement les référencer au lieu d’écrire le tout dans mon cahier chaque fois que je fais une expérience. De plus, j’ai des classeurs étiquetés distincts pour chaque ligne de travail où je mets des notes et des données qui ne rentrent pas facilement dans le cahier, telles que des impressions Microsoft Excel, des données graphiques, des contrats et des accords de transfert de matériel.
– Borniger

J’écris mon carnet numérique en mode Org, un langage de balisage spécialement conçu pour insérer facilement des images manuscrites comme des résultats, des calculs, des équations, des tableaux, des bibliographies et même des morceaux de code. Le cahier lui-même se compose de plusieurs fichiers de texte brut liés, donc lorsque j’ai un papier à écrire, je peux facilement utiliser les fichiers texte comme brouillons en les exportant dans un fichier LaTeX.
– Falessi

J’utilise principalement un cahier électronique, mais souvent en laboratoire, j’écris d’abord mes notes dans un cahier papier — jamais un bout de papier — puis je numérise également mon cahier papier pour avoir accès à son contenu à tout moment. J’utilise Confluence pour l’enregistrement électronique, mais Microsoft OneNote est une autre bonne option car vous pouvez l’utiliser hors ligne et en ligne et c’est gratuit. Je fais des références croisées en utilisant les numéros de page de mon cahier papier et les dates et les noms des expériences dans mes noms de fichiers. Tous mes protocoles sont dans mon carnet numérique – souvent avec des photos de mes installations expérimentales, du matériel, de l’équipement et parfois un enregistrement vidéo de moi parlant à chaque étape du protocole. Je stocke mes données brutes sur le serveur de mon laboratoire et les sauvegarde sur le cloud et sur un disque dur. Mon code pour le traitement et l’analyse des données se trouve sur Github, un système de gestion de versions de logiciels populaire. Enfin, je garde une liste de choses à faire dans mon carnet électronique, qui sert également d’enregistrement de ce que j’ai accompli chaque semaine.
– Lina Colucci, affiliée de recherche en sciences de la santé et technologie au Massachusetts Institute of Technology à Cambridge et entrepreneure de conseil en science des données dans la baie de San Francisco

Quelles stratégies utilisez-vous pour garder votre carnet organisé, complet et conforme aux meilleures pratiques?

Pour moi, ce qui fonctionne, c’est de traiter la prise de notes comme une étape expérimentale vitale. J’écris généralement les choses au fur et à mesure, écrivant parfois le protocole ou ce que je m’apprête à faire avant de commencer l’expérience, puis de modifier tout ce que j’ai fait différemment de ce que j’avais prévu. De cette façon, garder un cahier de laboratoire est similaire à la cuisine, où le nettoyage tout au long du processus rend beaucoup plus facile que d’attendre la fin lorsque la vaisselle est empilée au plafond. Remplir le carnet de laboratoire dès que possible réduit également les risques d’oublier une information vitale ou d’introduire une erreur.

En ce qui concerne l’organisation de mon cahier papier, je suis simplement l’ordre chronologique, de sorte que chaque page est un nouveau jour (sauf si j’utilise plusieurs pages dans une journée). Je m’assure d’inclure une description détaillée de ce que j’ai fait, pourquoi et comment au présent; la date, l’heure et le lieu où le travail a été effectué; les noms des autres personnes avec qui j’ai fait le travail; les circonstances spéciales qui se sont produites pendant le travail (par exemple, y a-t-il eu une alarme incendie qui aurait pu influencer les résultats?); et ma signature et, dans la mesure du possible, une marque de témoin (habituellement mon chercheur principal ou un collègue de laboratoire). Tout cela devrait être écrit au stylo, et si quelque chose était une erreur, ne le rayez pas complètement; il suffit de mettre une seule ligne à travers elle pour qu’elle puisse encore être lue. Noter les idées (plutôt que la méthodologie) est également acceptable et encouragé.
– Borniger

Dans mon cahier papier, chaque expérience est un groupe de pages consécutives, car il est devenu trop difficile pour moi de suivre des expériences individuelles si elles étaient mélangées à d’autres. Si je fais plusieurs expériences à la fois, je laisse un espace vide entre mes enregistrements pour eux afin que toutes mes notes et protocoles concernant une expérience individuelle soient continus, même pour des expériences de plusieurs jours. Les détails font ou cassent vraiment le cahier, alors j’essaie d’être concis tout en incluant autant de détails pertinents que possible.
– Kitaoka

Je dis à mes élèves qu’ils n’ont pas à suivre un format spécifique dans leur cahier papier tant que les informations sont toutes là et faciles à trouver. Je leur demande d’écrire tout ce qu’ils peuvent avant de commencer l’expérience. Je leur demande également d’enregistrer la procédure au fur et à mesure, car souvent ils manquent accidentellement ou font des étapes hors service, et c’est important d’enregistrer. Leurs premières expériences nécessiteront probablement beaucoup de détails sur la configuration et l’exécution de la procédure — alors qu’une fois expérimentées, elles n’auront qu’à noter les variables pertinentes. Ils ne devraient jamais enregistrer de notes séparées pour les copier plus tard, car cela entraîne inévitablement une perte d’informations.
– Danielle Solano, professeure agrégée et présidente du Département de chimie et de biochimie de l’Université d’État de Californie à Bakersfield

L’une des choses les plus difficiles dans la tenue d’un cahier de laboratoire est de décider quand rédiger une entrée approfondie et quand en rédiger une brève. Je commence toujours par écrire un minimum d’informations pour chaque expérience. Cela inclut généralement la date, l’heure, l’emplacement, les paramètres du protocole, l’endroit où les données sont stockées et, si j’utilise du code, le nom du script et la version du code Github. Ensuite, dès que je me rends compte qu’une expérience particulière n’est pas une impasse, j’écris un rapport plus long décrivant le but de l’expérience; hypothèse; date(s) de collecte des données; liens vers les données, scripts d’analyse, notes prises le jour de la collecte des données et le protocole complet; photos ou vidéos de la configuration expérimentale; résultats; conclusions; et, enfin, prochaines étapes.

Je garde les choses dans l’ordre chronologique et je date chaque page de mon cahier papier, et je mets souvent l’endroit où j’ai fait l’expérience ou écrit mes notes. Si je tape quelque chose dans le cahier, je signe et date sur la bande. Si je reviens en arrière et que je change quelque chose sur une ancienne page, je signe et je date le changement. Pour mon ordinateur portable électronique, je planifie des sauvegardes quotidiennes automatisées.
– Colucci

Au début de ma première expérience de la journée, je créais une note sur Evernote avec la date et l’ajoutais au fur et à mesure, en prenant des instantanés de mes notes au stylo et sur papier dans le laboratoire et en organisant plus tard des notes supplémentaires dans l’application. À la fin de chaque journée, je prenais 15 minutes pour lire mon entrée et reformuler tout ce qui n’était pas clair parce que je l’ai écrit trop vite, télécharger des images ou des analyses supplémentaires et ajouter quelques réflexions finales. Je conclurais en ajoutant le marquage approprié.
– Ferro

Mon cahier comporte deux sections générales — l’une pour les protocoles raffinés que j’ai mis en place après avoir fait une nouvelle expérience à plusieurs reprises et l’autre pour mes enregistrements d’expérience. Pour cette deuxième section, je note des notes et des observations sur du papier brouillon pendant que je fais des expériences et que je saisis des informations dans mon cahier électronique plus tard de manière plus organisée. Il peut être super ennuyeux de remplir votre cahier de laboratoire après avoir effectué une expérience épuisante et complexe, mais c’est peut-être le moment le plus critique! Pour les jours où je dois vraiment le remettre à plus tard, je garde une zone de mon bureau pour des notes expérimentales, que je peux ensuite utiliser pour mettre à jour mon cahier le lendemain.
– Bartman

D’autres conseils ?

Je recommande fortement d’utiliser le début de son expérience de recherche comme période d’essai pour les méthodes de cahier de laboratoire pour trouver une approche qui vous convient. Les principaux critères sont qu’il est simple et pratique à utiliser et facile à sauvegarder. Cela dit, aucune méthode unique n’est parfaite, alors limitez-vous à essayer trois ou quatre outils. J’ai appris à la dure que l’inconvénient d’expérimenter avec un tas d’outils différents est que vos données sont dispersées parmi les ordinateurs portables, ce qui peut rendre très difficile de trouver ce que vous cherchez.
– Colucci

En dehors des essais et erreurs, j’ai appris ce qui devait entrer dans mes notes en lisant les cahiers d’anciens membres du laboratoire et en découvrant ce qui, dans la description, rendait une expérience plus facile ou plus difficile à reproduire. Un manque d’informations peut être très frustrant, et je veux rendre tout suivi de mes expériences aussi fluide que possible.
– Kitaoka

Pourvu que vous n’enfreigniez aucune règle, n’ayez pas peur de développer votre propre façon de prendre des notes. L’une des institutions que j’ai visitées avait ses propres directives, mais comme mon approche individuelle fonctionnait pour moi, j’ai décidé de continuer et de traduire mon travail dans un cahier conforme une fois par semaine. Cela peut sembler un travail supplémentaire, mais pour moi, c’était soit faire cela, soit risquer que je cesse d’utiliser mon carnet de laboratoire de manière cohérente, ce qui aurait été une plus grande perte pour moi, mon laboratoire et même pour l’institution.

Cela peut d’abord sembler une corvée, mais garder une trace de ce que vous faites peut être un bon stimulant de l’humeur. Un projet de recherche est fait de nombreux hauts et des bas expérimentaux, mais surtout des bas, donc se sentir un peu bleu et inutile est très courant. En regardant en arrière votre ordinateur portable vous permet de mettre les choses en perspective et de réaliser à quel point vous réalisez réellement.
– Ferro