Eccleston se abrió públicamente sobre sus verdaderas razones para dejar Doctor Who en 2010. «Era de mente abierta, pero decidí después de mi experiencia en la primera serie que no quería hacer más», dijo el actor al Radio Times. «No disfruté del medio ambiente y la cultura que tenemos… had to work in » (vía BBC). Desde entonces, ha sido cada vez más sincero sobre su experiencia con el Dr. Who.
En 2018, Eccleston reveló que fue atacado por los tabloides del Reino Unido y puesto en la lista negra de la BBC por su decisión de renunciar. En la Comic Con de Nueva York al año siguiente, dejó en claro que no era el propio Doctor Who con el que había tenido un problema («Me encantaba interpretar al personaje y me encantaba el mundo», dijo). Era lo que estaba pasando detrás de escena con el showrunner Russell T. Davies y dos productores anónimos que no le gustaban. «Me fui solo por esos tres individuos y la forma en que dirigían el espectáculo… Sentí, ‘ Voy a jugar al Doctor a mi manera y no voy a involucrarme en esta política.»Y eso no era viable, así que me fui», dijo Eccleston.
Eccleston también se negó a regresar para el episodio 50, que unió a Smith y Tennant e incluyó imágenes de archivo de los otros médicos. Explicó que había sentido que el guion no era lo suficientemente fuerte, pero agregó que cambió de tono cuando vio el segundo borrador, que no lo incluía. «Ese guión estaba inmaculado. Y creo que se sumó al canon de Doctor Who de una manera que yo no volvería», dijo.
Exactamente lo que pasó en el set de Davies es una verdad más incalculable de Doctor Who. Pero la temporada de Eccleston sigue siendo una de las más fuertes de la serie, y está orgulloso de su contribución, por corta y dulce que sea.