Eccleston ujawnił publicznie swoje prawdziwe powody odejścia z Doctor Who w 2010 roku. „Byłem otwarty, ale po doświadczeniach z pierwszej serii zdecydowałem, że nie chcę więcej robić” -powiedział aktor „the Radio Times”. „Nie podobało mi się środowisko i kultura, że my… musiał pracować w ” (za pośrednictwem BBC). Od tego czasu jest coraz bardziej szczery co do swoich doświadczeń z Dr Who.
w 2018 roku Eccleston ujawnił, że został zaatakowany przez brytyjskie tabloidy i czarną listę przez BBC za jego decyzję o odejściu. Na New York Comic Con w następnym roku, dał do zrozumienia, że to nie Doktor Who miał z tym problem („uwielbiałem grać postać i kochałem świat”, powiedział). To, co działo się za kulisami z showrunnerem Russellem T. Daviesem i dwoma nienazwanymi producentami, nie podobało mu się. „Wyszedłem tylko z powodu tych trzech osób i sposobu, w jaki prowadzili program… Poczułem, że będę grał doktora po swojemu i nie będę się angażował w te polityki.”I to nie było wykonalne, więc poszedłem” – powiedział Eccleston.
Eccleston również odmówił powrotu na 50.odcinek, który zjednoczył Smitha i Tennanta i zawierał archiwalne nagrania pozostałych lekarzy. Wyjaśnił, że czuł, że scenariusz nie jest wystarczająco mocny, ale dodał, że zmienił melodię, gdy zobaczył drugi szkic, który go nie uwzględnił. „Ten scenariusz był nieskazitelny. I myślę, że to dodało do kanonu Doktora Who w taki sposób, że ja wracając nie
dokladnie to co sie stalo na planie Daviesa to jeszcze jedna niewypowiedziana prawda o Doktorze Who. Ale sezon Ecclestona pozostaje jednym z najsilniejszych seriali i słusznie jest dumny ze swojego wkładu, choć krótki i słodki.