La planificación inicial para la construcción de un canal a través de Schleswig-Holstein supuestamente se remonta al siglo VII y fue impulsada por la intención de facilitar el comercio: Haithabu, ubicada cerca de la actual ciudad de Schleswig, fue uno de los centros comerciales del norte de Europa en ese momento. Sin embargo, tomó varios siglos hasta que la planificación se convirtió en realidad, impulsada finalmente por preocupaciones estratégicas y militares en lugar de la voluntad de apoyar el comercio. La primera conexión entre el Mar del Norte y el Mar Báltico se completó en 1784 durante el reinado de Cristián VII de Dinamarca. Llamado el «Canal Eider», este canal construido artificialmente de 43 kilómetros de largo formaba parte de un canal de 175 kilómetros desde Kiel hasta la desembocadura del río Eider en Tönning, en la costa oeste de Schleswig-Holstein. Tenía solo 29 metros (95 pies) de ancho con una profundidad de tres metros (diez pies), lo que limitaba el tamaño de los buques que podían usarlo a 300 tdw.
Durante el siglo XIX, después de que Schleswig-Holstein estuviera bajo el gobierno de Prusia (desde 1871 el Imperio Alemán) tras la Segunda Guerra de Schleswig en 1864. Una combinación de intereses navales y presión comercial eventualmente alentó el desarrollo de un nuevo canal. En junio de 1887 comenzaron las obras de construcción en Holtenau, cerca de Kiel. El canal tardó más de 9.000 trabajadores en construirse durante ocho años. El 20 de junio de 1895 fue inaugurado oficialmente por el Káiser Guillermo II para transitar de Brunsbüttel a Holtenau. Al día siguiente, se celebró una ceremonia en Holtenau donde Guillermo II lo nombró Kaiser Wilhelm Kanal (en honor al Kaiser Wilhelm I), y colocó la piedra final. Como vía fluvial para fines navales y civiles, el Canal de Kiel se convirtió en un éxito instantáneo. Por lo tanto, la planificación de una mejora importante comenzó solo diez años después de que el Canal estuviera operativo, de nuevo con los requisitos de tamaño de la Armada alemana en mente. Entre 1907 y 1914, el Canal se amplió y su capacidad de esclusa aumentó significativamente. La ampliación permitió el paso de un acorazado del tamaño de un acorazado acorazado. Esto significaba que estos acorazados podían viajar desde el Mar Báltico hasta el Mar del Norte sin tener que rodear Dinamarca. Los proyectos de ampliación se completaron con la instalación de dos esclusas de canal más grandes en Brunsbüttel y Holtenau.
Después de la Primera Guerra Mundial, el Tratado de Versalles internacionalizó el Canal mientras lo dejaba bajo administración alemana. Las regulaciones respectivas todavía se aplican hoy en día. El régimen nazi repudió el estatus internacional del Canal en 1936. Después del final de la Segunda Guerra Mundial, el Canal volvió a abrirse a todo el tráfico. Durante las décadas siguientes se produjo un cambio profundo del tráfico: el tamaño de los buques aumentó significativamente. La mejora del Canal continuó, pero con una velocidad cada vez más reducida. La discusión sobre la necesidad de una actualización extensa comenzó en la década de 1990, pero varios gobiernos federales alemanes no proporcionaron los fondos y recursos de planificación necesarios.
Como resultado de esta negligencia, los fallos y las averías de bloqueo comenzaron a ocurrir con más frecuencia. En 2012 y 2013, el Canal se vio gravemente afectado por múltiples fallas en las compuertas de esclusa. Los buques se encontraron con largos tiempos de espera; en marzo de 2013, los buques de 125 metros de eslora total tuvieron que desviarse por el Skagerrak durante algún tiempo. Estos impactos obvios resultantes de una continua falta de inversión finalmente llevaron el tema del Canal de Kiel al foco público a nivel nacional en Alemania. En abril de 2014, los fondos para la construcción de la quinta cámara de esclusas en Brunsbüttel fueron finalmente liberados por el Comité competente del Parlamento alemán. Esto allanó el camino para una rápida asignación de contratos de construcción y, por lo tanto, la construcción de la muy necesaria quinta cámara de esclusa.
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