jak udržet laboratorní notebook

kam jsem dal ten kus papíru? Kdy jsem udělal ten experiment? Kam jsem uložil ten datový soubor? Pokud často zjistíte, že hledáte kritickou informaci, kterou jste zaznamenali, když jste provedli experiment, snažili jste se vzpomenout, kdy jste udělali co, nebo prohledali pevný disk a našli správný soubor,může být čas znovu se podívat, jak si udržujete poznámky k výzkumu. Ať už pracujete na lavičce, v terénu, nebo teoreticky, musíte sledovat, co děláte, abyste se na něj mohli kdykoli obrátit—

kromě tradičního papírového notebooku je k dispozici více nástrojů, které vědcům pomáhají dokumentovat jejich práci a pokrok, ale jak udržet dobrý notebook se málokdy učí. Mnoho výzkumných institucí, financujících orgánů a profesních sdružení má požadavky nebo nabízí pokyny. Ale kromě toho, že se ujistíte, že neporušujete žádná pravidla, často existuje prostor pro kreativitu a osobní preference—za předpokladu, že je notetaking efektivní. Vědecká kariéra požádala vědce z celé řady oborů a kariérních fází, aby se podělili o tipy a strategie, které pro ně pracují. Jejich odpovědi byly upraveny pro přehlednost a stručnost.

vedení výzkumného notebooku je často považováno za fuška. Proč je důležité věnovat mu dostatek času a úsilí?

laboratorní notebooky jsou jako jít k zubaři – nikdo si to neužije—ale pokud to neuděláte, všechny vaše zuby vypadnou. Laboratorní notebooky jsou nejužitečnějším zdrojem, který si můžete v laboratoři vytvořit, a vytvoření dobrého vyžaduje každý den trochu úsilí. Jakmile se dostanete do zvyku a máte systém, který se vám líbí, stává se méně obtížným.
– Caroline Bartman, postdoktorandka v kvantitativní metabolomice na Princetonské univerzitě

Můj laboratorní notebook sleduje všechny mé výzkumné experimenty a všechny mé selhání a optimalizace. Je to skvělý nástroj pro udržení přísnosti a reprodukovatelnosti—pokud si nepamatuji, jak jsem provedl experiment nebo jak jsem analyzoval data, všechny tyto informace jsou v mém notebooku. To také dělá to tak mnohem jednodušší pro vaše budoucí laboratorní kamarády, kteří mohou potřebovat udělat podobný experiment a chtějí vidět, co jste již vyzkoušeli.
– Maiko Kitaoka, Ph.D. kandidát na molekulární a buněčnou biologii na Kalifornské univerzitě v Berkeley

pečlivý záznam mých experimentálních kroků mi pomohl pochopit určité výsledky. Zaznamenání toho, co se stalo v určitý den, vám může poskytnout informaci o tom, zda jsou některá data odlehlá kvůli faktorům prostředí, jako je změna teploty. Postupem času se můj laboratorní notebook také vyvinul v Nástroj pro sledování mých nápadů. Možná nebudete chtít změnit svůj design nebo metodu přímo uprostřed experimentu, ale váš notebook je ideálním místem, kde si můžete všimnout, co budete chtít vyzkoušet.
– Valentina Ferro, Ph.D.- držitel v experimentální fyzice a nezávislý vědecký ilustrátor v Seattlu, Washington

v teoretické oblasti, jako je moje, je notebook nezbytný pro sledování mých pokusů o vyřešení problému. Bez dobře napsaných poznámek bych pravděpodobně udělal stejné výpočty mnohokrát. Notebook je také užitečný pro sdílení mých přístupů a výsledků se spolupracovníky.
– Matteo Falessi, postdoktorand ve fyzice plazmatu ve výzkumném středisku ENEA Frascati v Itálii

návrat ke starým datům bez silné dokumentace může být trochu jako archeologická expedice. Dobrý notebook umožňuje rychle zjistit, jaké experimenty byly provedeny as jakými cíli, přehodnotit stará data ve světle nových zjištění a vyzvednout práci, kde jste ji nechali. Obecněji, dobré poznámky umožňují Reprodukovatelnost výzkumu; poskytnout písemné důkazy o tom, že vše bylo provedeno jasně, průhledný, a etickým způsobem; a nabízejí zdůvodnění, proč byly provedeny určité volby výzkumu.
– Caroline Lynn Kamerlin, profesorka strukturální biologie na Uppsala University ve Švédsku

pokud píšete papír měsíce nebo dokonce roky po dokončení experimentů, váš laboratorní notebook bude obsahovat všechny podrobnosti, které potřebujete k přesnému popisu vašich metod a výsledků. V určitém okamžiku vaší kariéry, možná budete muset použít k poskytnutí důkazu, že myšlenka byla skutečně „vaše“ nebo k uplatnění nároku na vaše duševní vlastnictví. Dodatečně, v případě obvinění z vědeckého pochybení, váš laboratorní notebook bude nepostradatelným prvkem dotazu. Nakonec bude laboratorní notebook fungovat jako kniha vaší kariéry a stane se součástí vašeho odkazu vědce. Nezanedbávejte to!
– Jeremy C. Borniger, postdoktorand v neurovědě na Stanfordské univerzitě v Palo Alto v Kalifornii

používáte tradiční papírový notebook, digitální nástroje nebo kombinaci?

rád používám ručně psaný notebook, i když většina dat, která vytvářím, je digitální. Občas také zaznamenávám technické detaily—například konkrétní nastavení akvizice na mikroskopech nebo experimenty, které jsem spojil, abych vytvořil postavu-v textových souborech, kde je nejsnadněji najdu. Jednou z výzev s tradičním papírovým notebookem je však to, že není vždy snadno prohledávatelný, takže používám prvních pár stránek k udržení obsahu a porovnávám své digitální datové soubory tak často, jak je to možné.
– Kitaoka

považuji elektronický laboratorní notebook za mnohem lepší než papírový. Je prohledávatelný, takže mohu snadno získat záznamy o experimentech, které jsem udělal před lety, nebo je pročesat a najít klíčové podrobnosti. Nikdy ho nezničím tím, že si omylem natáhnu kádinku s etanolem. A pokud to zálohujete, je nemožné prohrát. Plus, musím to vyplnit u stolu bez rukavic, což mě nutí udělat si na to nějaký vyhrazený čas.
– Bartman

používám papírový notebook od samého začátku své výzkumné kariéry, ale postupem času jsem musel přizpůsobit svou strategii, protože jsem se ztratil na všech těchto stránkách. Dnes používám svůj laboratorní notebook pouze k zaznamenání rychlých poznámek. Všechny mé optimalizované protokoly, surová data a analýzy jsou uloženy v počítači. Porovnávám své zápisníky a počítačové soubory pomocí data a krátkého popisu každého experimentu. Dodatečně, považuji za užitečné vést samostatný výzkumný notebook pro širší problémy, jako je konceptualizace experimentu, vypracování rukopisu, organizování schůzky, nebo psaní poznámek na konferenci.
– Karine Salin, stálá výzkumná pracovnice ve fyziologii životního prostředí na IFREMERU v Plouzané ve Francii

na papíře dostávám více nápadů, takže jsem zpočátku chtěl mít za každou cenu tradiční notebook. Ale pracoval jsem na několika projektech a potřeboval jsem, aby byl můj notebook prohledávatelný a taggable, abych mohl snadněji sledovat. Sladkým místem pro mě bylo použití digitálního notebooku, jako je Evernote, se schopností zahrnout snímky tradičních poznámek z pera a papíru, stejně jako kódovací skripty a další digitální soubory a obrázky, které jsem vygeneroval. Navíc, mít aplikaci v telefonu znamenalo, že bych mohl nahrávat hlasové poznámky při chůzi, kdybych dostal nápad, který jsem chtěl zkusit později. S digitálním notebookem je však téměř nemožné najít věci, na které jste zapomněli, jako byste pouhým listováním stránkami papírového notebooku. Problém jsem překonal tím, že jsem označil vše, co bylo pro experimenty o něco méně relevantní-například nesouvisející nápady a další otázky, které je třeba sledovat—značkou „random“ , abych je mohl občas procházet a hledat inspiraci.
– Ferro

pro většinu mé práce stačí papírový zápisník. Ujistěte se však, že vytvoříte digitální zálohu všech poznámek tím, že vyfotíte pomocí aplikace Genius Scan nebo je zapíšete do aplikace Microsoft Word. Mám také složku počítače, kde ukládám všechny své standardní protokoly, abych je mohl jednoduše odkazovat namísto psaní celé věci do svého notebooku pokaždé, když udělám experiment. Navíc mám samostatné označené pojiva pro každý řádek práce, kde jsem dal poznámky a data, která se do notebooku snadno nevejdou, jako jsou výtisky aplikace Microsoft Excel, grafická data, smlouvy a dohody o přenosu materiálu.
– Borniger

píšu svůj digitální notebook v režimu Org, značkovacím jazyce speciálně navrženém pro snadné vkládání ručně psaných obrázků, jako jsou výsledky, výpočty, rovnice, tabulky, bibliografie a dokonce i kousky kódu. Notebook sám se skládá z několika propojených prostých textových souborů, takže když mám papír psát mohu snadno použít textové soubory jako koncepty jejich exportem do souboru LaTeX.
– Falessi

používám hlavně elektronický notebook, ale často v laboratoři nejprve píšu své poznámky do papírového notebooku—nikdy šrot papíru—a pak také skenuji svůj papírový notebook, abych měl kdykoli přístup k jeho obsahu. Používám Confluence pro elektronický záznam, ale Microsoft OneNote je další dobrá volba, protože ji můžete používat offline a online a je zdarma. Křížový odkaz používám čísla stránek z mého papírového notebooku a data a názvy experimentů v názvech souborů. Všechny mé protokoly jsou v mém digitálním notebooku-často s obrázky mých experimentálních nastavení, materiál, vybavení, a někdy videozáznam, jak mluvím každým krokem protokolu. Ukládám svá nezpracovaná data na server mé laboratoře a zálohuji je v cloudu a na pevném disku. Můj kód pro zpracování a analýzu dat je na Githubu, populárním systému verzování softwaru. Nakonec si v elektronickém notebooku vedu seznam úkolů, který také slouží jako záznam toho, čeho jsem každý týden dosáhl.
– Lina Colucci, výzkumná pobočka ve zdravotnických vědách a technologiích na Massachusetts Institute of Technology v Cambridge a data science consulting podnikatel v oblasti San Francisco Bay Area

jaké strategie používáte k tomu, aby byl váš notebook organizovaný, kompletní a v souladu s osvědčenými postupy?

pro mě to, co funguje, je považovat notetaking za zásadní experimentální krok. Obvykle si zapisuji věci, když jdu, občas si zapíšu protokol nebo to, co se chystám udělat před zahájením experimentu a poté upravím cokoli, co jsem udělal jinak, než jsem plánoval. Tímto způsobem je vedení laboratorního notebooku podobné vaření, kde je čištění v průběhu celého procesu mnohem snazší než čekat až do konce, kdy se nádobí hromadí ke stropu. Vyplnění laboratorního notebooku co nejdříve také snižuje šance na zapomenutí životně důležité informace nebo zavedení chyby.

pokud jde o uspořádání mého papírového zápisníku, jednoduše sleduji chronologické pořadí, takže každá stránka je nový den(pokud nepoužívám více stránek za den). Nezapomeňte uvést podrobný popis toho, co jsem udělal, proč a jak v přítomném čase; datum, čas a místo, kde byla práce provedena; jména všech ostatních, s nimiž jsem práci vykonal; zvláštní okolnosti, ke kterým došlo během práce (například došlo k požárnímu poplachu, který mohl ovlivnit výsledky ?); a můj podpis a, kdykoli je to možné, značka svědka (obvykle můj hlavní vyšetřovatel nebo kolega z laboratoře). To vše by mělo být napsáno perem, a pokud se něco stalo chybou, nevyškrtněte to úplně; stačí do něj vložit jediný řádek, aby jej bylo možné stále číst. Psaní myšlenek (spíše než metodologie) je také přijatelné a podporováno.
– Borniger

v mém papírovém notebooku je každý experiment shlukem po sobě jdoucích stránek, protože pro mě bylo příliš obtížné sledovat jednotlivé experimenty, pokud byly smíchány s ostatními. Pokud dělám více experimentů najednou, nechám pro ně prázdné místo mezi svými záznamy, takže všechny mé poznámky a protokoly týkající se individuálního experimentu jsou nepřetržité, dokonce i pro vícedenní experimenty. Podrobnosti opravdu dělají nebo rozbíjejí notebook, takže se snažím být stručný a zároveň obsahovat co nejvíce relevantních detailů.
– Kitaoka

říkám svým studentům, že se nemusí řídit konkrétním formátem ve svém papírovém notebooku, pokud jsou všechny informace k dispozici a snadno k nalezení. Mám je zapsat, co mohou, než začnou experiment. Také jim přikazuji, aby postup zaznamenávali tak, jak jdou, protože často omylem přehlédnou nebo udělají kroky mimo provoz, a to je důležité zaznamenat. Jejich první experimenty budou pravděpodobně vyžadovat mnoho podrobností o tom, jak nastavit a provést postup—zatímco jakmile jsou zkušení, budou si muset všimnout pouze příslušných proměnných. Nikdy by neměli zaznamenávat samostatné poznámky, které by později zkopírovali, protože to nevyhnutelně vede ke ztrátě informací.
– Danielle Solano, docentka a předsedkyně katedry chemie a biochemie na Kalifornské státní univerzitě v Bakersfieldu

jednou z nejtěžších věcí při udržování laboratorního notebooku je rozhodování o tom, kdy napsat důkladný záznam a kdy napsat zběžný. Vždy začnu tím, že si zapíšu minimální množství informací pro každý experiment. To obecně zahrnuje datum, čas, umístění, parametry protokolu, kde jsou data uložena, a – pokud používám kód-název skriptu a verzi kódu Github. Poté, jakmile si uvědomím, že konkrétní experiment není slepá ulička, píšu zdlouhavější zprávu popisující cíl experimentu; hypotéza; Datum (data) sběru dat; odkazy na data, analytické skripty, poznámky pořízené v den sběru dat a úplný protokol; obrázky nebo videa experimentálního nastavení; výsledky; závěry; a konečně další kroky.

uchovávám věci v chronologickém pořadí a datuji každou stránku svého papírového notebooku a často jsem dal místo, kde jsem experiment provedl, nebo jsem také psal své poznámky. Pokud něco nalepím do notebooku, podepíšu a datuji přes pásku. Pokud se vrátím a něco změním na staré stránce, podepíšu a datuji změnu. Pro svůj elektronický notebook plánuji automatické denní zálohování.
– Colucci

po zahájení mého prvního experimentu dne bych na Evernote vytvořil poznámku s datem a přidal k ní as I go, pořizoval snímky mých poznámek z pera a papíru v laboratoři a později organizoval další poznámky v aplikaci. Na konci každého dne, vzal bych si 15 minut, abych si přečetl svůj příspěvek a přeformuloval vše, co bylo nejasné, protože jsem to napsal příliš rychle, nahrát jakékoli další obrázky nebo analýzy, a přidat nějaké závěrečné myšlenky. Na závěr bych přidal příslušné označení.
– Ferro

můj notebook má dvě zastřešující části-jednu pro rafinované protokoly, které jsem dal dohromady poté, co jsem několikrát provedl nový experiment, a druhou pro mé experimentální záznamy. Pro tuto druhou část si zapisuji poznámky a pozorování na šrotový papír, zatímco provádím experimenty a zadávám informace do svého e-notebooku později organizovanějším způsobem. Může být velmi nepříjemné vyplnit laboratorní notebook po provedení vyčerpávajícího a složitého experimentu, ale to může být nejkritičtější čas! Pro ty dny, kdy to opravdu musím odložit, si ponechávám prostor svého stolu pro experimentální poznámky, které pak mohu použít k aktualizaci notebooku další den.
– Bartman

nějaké další rady?

vřele doporučuji použít začátek výzkumné zkušenosti jako zkušební období pro metody laboratorního notebooku k nalezení přístupu, který vám vyhovuje. Hlavními kritérii je, že je jednoduché a pohodlné použití a snadné zálohování. Když jsem to řekl, žádná jediná metoda není dokonalá, takže se omezte na vyzkoušení tří nebo čtyř nástrojů. Naučil jsem se tvrdě, že nevýhodou experimentování se spoustou různých nástrojů je to, že Vaše data jsou rozptýlena mezi notebooky, což může být velmi náročné najít to, co hledáte.
– Colucci

kromě pokusů a omylů jsem se dozvěděl, co by mělo jít do mých poznámek čtením notebooků bývalých členů laboratoře a zjišťováním toho, co v popisu usnadnilo nebo ztížilo reprodukci experimentu. Nedostatek informací může být velmi frustrující, a já chci, aby jakékoli pokračování mých experimentů bylo co nejplynulejší.
– Kitaoka

pokud neporušujete žádná pravidla, nebojte se rozvíjet svůj vlastní způsob psaní poznámek. Jedna z institucí, kterou jsem navštívil, měla své vlastní pokyny, ale protože můj individuální přístup pracoval pro mě, rozhodl jsem se v něm pokračovat a přeložit svou práci do vyhovujícího notebooku jednou týdně. Mohlo by se to zdát jako práce navíc, ale pro mě to buď dělalo, nebo riskovalo, že bych mohl přestat používat svůj laboratorní notebook důsledně, což by pro mě byla větší ztráta, Moje laboratoř, a dokonce i pro instituci.

může se to nejprve zdát jako fuška, ale sledování toho, co děláte, může být skvělým zvedákem nálady. Výzkumný projekt je tvořen mnoha experimentálními vzestupy a pády, ale většinou pády, takže pocit trochu modré a zbytečné je velmi běžný. Při pohledu zpět na váš notebook vám umožní dát věci do perspektivy a uvědomit si, kolik toho skutečně dosáhnete.
– Ferro