Come mantenere un notebook da laboratorio

Dove ho messo quel pezzo di carta? Quando ho fatto quell’esperimento? Dove ho salvato quel file di dati? Se ti ritrovi spesso alla ricerca di un pezzo critico di informazioni che hai annotato mentre hai eseguito il tuo esperimento, cercando di ricordare quando hai fatto cosa, o perlustrando il disco rigido per trovare il file giusto, potrebbe essere il momento di rivisitare il modo in cui mantieni le tue note di ricerca. Sia che si sta lavorando in panchina, sul campo, o in teoria, è necessario tenere traccia di ciò che si fa in modo che voi—e gli altri—può fare riferimento ad esso ogni volta che è necessario.

Ci sono più strumenti disponibili al di là del tradizionale notebook di carta per aiutare gli scienziati a documentare il loro lavoro e il progresso, ma come mantenere un buon notebook è raramente insegnato. Molti istituti di ricerca, organismi di finanziamento e associazioni professionali hanno requisiti o offrono linee guida. Ma oltre a fare in modo che non si infrangono tutte le regole, spesso c’è spazio per la creatività e le preferenze personali—a condizione che il notetaking è efficace. Science Careers ha chiesto ai ricercatori di una serie di discipline e fasi di carriera di condividere i suggerimenti e le strategie che funzionano per loro. Le loro risposte sono state modificate per chiarezza e brevità.

Tenere un taccuino di ricerca è spesso visto come un lavoro di routine. Perché è importante dedicare tempo e sforzi sufficienti ad esso?

I notebook da laboratorio sono come andare dal dentista—a nessuno piace, ma se non lo fai tutti i tuoi denti cadranno. I notebook da laboratorio sono la risorsa più utile che puoi creare per te stesso in laboratorio e crearne uno buono richiede un po ‘ di sforzo ogni giorno. Una volta preso l’abitudine e avere un sistema che ti piace, diventa meno oneroso.
– Caroline Bartman, postdoctoral fellow in quantitative metabolomics presso l’Università di Princeton

Il mio taccuino di laboratorio tiene traccia di tutti i miei esperimenti di ricerca e di tutti i miei fallimenti e ottimizzazioni. È un ottimo strumento per mantenere il rigore e la riproducibilità—se non ricordo come ho fatto un esperimento o come ho analizzato i dati, tutte queste informazioni sono nel mio taccuino. Lo rende anche molto più facile per i tuoi futuri compagni di laboratorio che potrebbero aver bisogno di fare un esperimento simile e vogliono vedere cosa hai già provato.
– Maiko Kitaoka, Ph. D. candidato in biologia molecolare e cellulare presso l’Università della California, Berkeley

Avere una registrazione diligente dei miei passi sperimentali mi ha aiutato a dare un senso a certi risultati. Notando cosa è successo in un giorno specifico può darti un’indicazione se alcuni dati sono valori anomali a causa di fattori ambientali come un cambiamento di temperatura. Nel corso del tempo, il mio notebook da laboratorio si è evoluto anche in uno strumento per tenere traccia delle mie idee. Potresti non voler cambiare il tuo design o metodo proprio nel bel mezzo di un esperimento, ma il tuo notebook è il luogo perfetto per notare cosa potresti voler provare dopo.
– Valentina Ferro, Ph. D.- titolare in fisica sperimentale e illustratore scientifico freelance a Seattle, Washington

In un campo teorico come il mio, un notebook è essenziale per tenere traccia dei miei tentativi di risolvere un problema. Senza note ben scritte, probabilmente farei gli stessi calcoli molte volte. Un notebook è utile anche per condividere i miei approcci e risultati con i collaboratori.
– Matteo Falessi, ricercatore post-dottorato in fisica del plasma presso il Centro di Ricerca ENEA Frascati in Italia

Tornare ai vecchi dati senza una forte documentazione può essere un po ‘ come una spedizione archeologica. Un buon quaderno consente di vedere rapidamente quali esperimenti sono stati fatti e con quali obiettivi, rivalutare i vecchi dati alla luce di nuove scoperte e raccogliere il lavoro dove lo hai lasciato. Più in generale, le buone note consentono la riproducibilità della ricerca; forniscono prove scritte che tutto è stato fatto in modo chiaro, trasparente ed etico; e offrono una giustificazione per il motivo per cui sono state fatte alcune scelte di ricerca.
– Caroline Lynn Kamerlin, professore di biologia strutturale presso l’Università di Uppsala in Svezia

Se stai scrivendo un documento mesi o addirittura anni dopo che gli esperimenti sono stati completati, il tuo quaderno di laboratorio conterrà tutti i dettagli necessari per descrivere con precisione i tuoi metodi e risultati. Ad un certo punto della tua carriera, potresti anche usarlo per fornire la prova che un’idea era davvero “tua” o per rivendicare la tua proprietà intellettuale. Inoltre, nel caso di accuse di cattiva condotta scientifica, il tuo quaderno di laboratorio sarà un elemento indispensabile nell’inchiesta. In definitiva, il quaderno di laboratorio fungerà da libro mastro della tua carriera e diventerà parte della tua eredità come scienziato. Non trascurarlo!
– Jeremy C. Borniger, postdoctoral fellow in neuroscienze presso la Stanford University di Palo Alto, California

Usi un notebook di carta tradizionale, strumenti digitali o una combinazione?

Mi piace usare un quaderno scritto a mano, anche se la maggior parte dei dati che produco sono digitali. Occasionalmente registro anche dettagli tecnici—come impostazioni di acquisizione specifiche su microscopi o quali esperimenti ho messo insieme per fare una figura-in file di testo dove posso trovarli più facilmente. Una sfida con un notebook di carta tradizionale, tuttavia, è che non è sempre facilmente ricercabile, quindi uso le prime pagine per mantenere un sommario e faccio riferimento incrociato ai miei file di dati digitali il più spesso possibile.
– Kitaoka

Trovo un notebook da laboratorio elettronico molto meglio di uno cartaceo. È ricercabile, quindi posso facilmente recuperare i record di esperimenti che ho fatto anni fa o pettinarlo per trovare i dettagli chiave. Non lo distruggerò mai rovesciando accidentalmente un bicchiere di etanolo. E, finché si esegue il backup, è impossibile perdere. Inoltre, devo riempirlo alla mia scrivania senza guanti, il che mi costringe a dedicare un po ‘ di tempo per questo.
– Bartman

Ho usato un taccuino di carta fin dall’inizio della mia carriera di ricerca, ma nel tempo ho dovuto adattare la mia strategia perché mi sono perso in tutte quelle pagine. Oggi, io uso il mio notebook laboratorio solo per annotare appunti veloci come vado. Tutti i miei protocolli ottimizzati, i dati grezzi e le analisi sono memorizzati sul computer. Faccio riferimento incrociato alle voci del mio notebook e ai file del computer utilizzando la data e una breve descrizione di ogni esperimento. Inoltre, trovo utile tenere un taccuino di ricerca separato per questioni più ampie come concettualizzare un esperimento, redigere un manoscritto, organizzare una riunione o prendere appunti in una conferenza.
– Karine Salin, assegnista di ricerca permanente in fisiologia ambientale presso IFREMER a Plouzané, Francia

Ottengo più idee su carta, quindi inizialmente volevo avere un notebook tradizionale a tutti i costi. Ma stavo lavorando su diversi progetti e avevo bisogno il mio notebook per essere ricercabile e taggable per tenere traccia più facilmente. Il punto debole per me è stato l’utilizzo di un notebook digitale come Evernote con la capacità di includere istantanee di penna tradizionale e note di carta, così come gli script di codifica e altri file digitali e le immagini che ho generato. Inoltre, avere l’app sul mio telefono significava che potevo registrare note vocali mentre camminavo se avessi avuto un’idea che volevo provare più tardi. Tuttavia, con un notebook digitale è quasi impossibile trovare cose che avete dimenticato come si farebbe semplicemente sfogliando le pagine del vostro notebook di carta. Ho superato il problema taggando tutto ciò che era leggermente meno rilevante per gli esperimenti—ad esempio, idee non correlate e ulteriori domande da perseguire—con il tag “random” in modo che ogni tanto potessi sfogliarli in cerca di ispirazione.
– Ferro

Un quaderno di carta è sufficiente per la maggior parte del mio lavoro. Tuttavia, mi assicuro di creare un backup digitale di tutte le note scattando una foto utilizzando l’app Genius Scan o scrivendole in Microsoft Word. Ho anche una cartella del computer in cui memorizzo tutti i miei protocolli standard in modo da poterli semplicemente fare riferimento invece di scrivere il tutto nel mio notebook ogni volta che faccio un esperimento. Inoltre, ho raccoglitori etichettati separati per ogni linea di lavoro in cui inserisco note e dati che non si adattano facilmente al notebook, come stampe di Microsoft Excel, dati grafici, contratti e accordi di trasferimento materiale.
-Borniger

Scrivo il mio notebook digitale in Org-mode, un linguaggio di markup specificamente progettato per inserire facilmente immagini scritte a mano come risultati, calcoli, equazioni, tabelle, bibliografie e persino pezzi di codice. Il notebook stesso è costituito da diversi file di testo semplici collegati, quindi quando ho un documento da scrivere posso facilmente utilizzare i file di testo come bozze esportandoli in un file LaTeX.
—Falessi

Uso principalmente un notebook elettronico, ma spesso in laboratorio scrivo prima i miei appunti su un notebook di carta—mai un pezzo di carta-e poi scannerizzo anche il mio notebook di carta in modo da avere accesso al suo contenuto in qualsiasi momento. Io uso Confluence per la registrazione elettronica, ma Microsoft OneNote è un’altra buona opzione in quanto è possibile utilizzarlo offline e online ed è gratuito. Faccio riferimento incrociato usando i numeri di pagina del mio taccuino di carta e date e nomi degli esperimenti nei miei nomi di file. Tutti i miei protocolli sono nel mio notebook digitale-spesso con le immagini delle mie configurazioni sperimentali, materiale, attrezzature, e, talvolta, una registrazione video di me parlare attraverso ogni fase del protocollo. Memorizzo i miei dati grezzi sul server del mio laboratorio e li eseguo sul cloud e su un disco rigido. Il mio codice per l’elaborazione e l’analisi dei dati è su Github, un popolare sistema di controllo delle versioni del software. Infine, tengo una lista di cose da fare nel mio notebook elettronico, che serve anche come un record di ciò che ho raggiunto ogni settimana.
– Lina Colucci, research affiliate in health sciences and technology presso il Massachusetts Institute of Technology di Cambridge e data science consulting entrepreneur nella San Francisco Bay Area

Quali strategie usi per mantenere il tuo notebook organizzato, completo e in conformità con le migliori pratiche?

Per me, ciò che funziona è trattare il notetaking come un passo sperimentale vitale. Di solito scrivo le cose mentre vado avanti, occasionalmente scrivo il protocollo o quello che sto per fare prima di iniziare l’esperimento e poi modifica tutto ciò che ho fatto in modo diverso dal previsto. In questo modo, mantenere un notebook da laboratorio è simile alla cottura, dove la pulizia durante l’intero processo rende molto più facile che aspettare fino alla fine quando i piatti sono ammucchiati al soffitto. La compilazione del quaderno di laboratorio il prima possibile riduce anche le possibilità di dimenticare un’informazione vitale o di introdurre un errore.

In termini di come è organizzato il mio taccuino di carta, seguo semplicemente l’ordine cronologico, quindi ogni pagina è un nuovo giorno (a meno che non usi più pagine in un giorno). Mi assicuro di includere una descrizione dettagliata di ciò che ho fatto, perché e come nel tempo presente; la data, l’ora e il luogo in cui è stato svolto il lavoro; i nomi di tutti gli altri con cui ho svolto il lavoro; circostanze speciali che si sono verificate durante il lavoro (ad esempio, c’era un allarme antincendio che avrebbe potuto influenzare); e la mia firma e, quando possibile, un segno di testimone (di solito il mio investigatore principale o un compagno di laboratorio). Tutto questo dovrebbe essere scritto a penna, e se qualcosa è stato un errore, non cancellarlo completamente; basta mettere una singola riga attraverso di essa in modo che possa ancora essere letto. Anche scrivere idee (piuttosto che metodologia) è accettabile e incoraggiato.
– Borniger

Nel mio taccuino di carta, ogni esperimento è un gruppo di pagine consecutive, poiché è diventato troppo difficile per me seguire esperimenti individuali se sono stati mescolati con altri. Se sto facendo più esperimenti contemporaneamente, lascio spazio vuoto tra i miei record per loro in modo che tutte le mie note e protocolli relativi a un singolo esperimento siano continui, anche per esperimenti multiday. I dettagli fanno davvero o rompono il notebook, quindi cerco di essere conciso includendo il maggior numero possibile di dettagli rilevanti.
– Kitaoka

Dico ai miei studenti che non devono seguire un formato specifico nel loro taccuino di carta finché le informazioni sono tutte lì e facili da trovare. Gli faccio scrivere tutto quello che possono prima di iniziare l’esperimento. Li istruisco anche a registrare la procedura mentre vanno, poiché spesso perdono accidentalmente o fanno passi fuori servizio, e questo è importante da registrare. I loro primi esperimenti richiederanno probabilmente molti dettagli su come impostare ed eseguire la procedura, mentre una volta sperimentati, dovranno solo annotare le variabili rilevanti. Essi non dovrebbero mai registrare note separate da copiare più tardi, come inevitabilmente questo porta a informazioni perse.
– Danielle Solano, professore associato e presidente del Dipartimento di Chimica e biochimica presso la California State University di Bakersfield

Una delle cose più difficili nel mantenere un quaderno di laboratorio è decidere quando scrivere una voce approfondita e quando scrivere una rapida. Comincio sempre scrivendo una quantità minima di informazioni per ogni esperimento. Questo include generalmente data, ora, posizione, parametri del protocollo, dove sono memorizzati i dati e, se sto usando il codice, il nome dello script e la versione del codice Github. Poi, non appena mi rendo conto che un particolare esperimento non è un vicolo cieco, scrivo una dettagliata relazione che descriva l’obiettivo dell’esperimento; ipotesi; data(s) di raccolta dei dati; i collegamenti ai dati, analisi dei copioni, appunti presi il giorno di raccolta di dati e il protocollo completo; immagini o video del setup sperimentale; risultati; conclusioni; e, infine, i passaggi successivi.

Tengo le cose in ordine cronologico e datano ogni pagina del mio taccuino di carta, e spesso metto anche la posizione in cui ho fatto l’esperimento o scritto i miei appunti. Se nastro qualcosa nel notebook, firmo e la data attraverso il nastro. Se torno indietro e cambio qualcosa su una vecchia pagina, firmo e datoil cambiamento. Per il mio notebook elettronico, pianifico backup giornalieri automatizzati.
– Colucci

All’inizio del mio primo esperimento del giorno, vorrei creare una nota su Evernote con la data e aggiungere ad essa come vado, prendendo istantanee delle mie note di carta e penna in laboratorio e poi organizzare note aggiuntive in app. Alla fine di ogni giornata, prendevo 15 minuti per leggere la mia voce e riformulare tutto ciò che non era chiaro perché l’ho scritto troppo velocemente, caricare immagini o analisi aggiuntive e aggiungere alcuni pensieri finali. Concludo aggiungendo il tagging appropriato.
– Ferro

Il mio notebook ha due sezioni generali: una per i protocolli raffinati che ho messo insieme dopo aver fatto un nuovo esperimento alcune volte e l’altra per i miei record di esperimenti. Per questa seconda sezione, annoto appunti e osservazioni su carta di scarto mentre eseguo esperimenti e inserisco le informazioni nel mio e-notebook in un secondo momento in modo più organizzato. Può essere super fastidioso per compilare il vostro notebook laboratorio dopo aver effettuato un esperimento estenuante e complesso, ma che può essere il momento più critico! Per quei giorni in cui devo davvero rimandare, tengo un’area della mia scrivania per le note sperimentali, che posso quindi utilizzare per aggiornare il mio notebook il giorno successivo.
– Bartman

Ulteriori consigli?

Consiglio vivamente di utilizzare l’inizio della propria esperienza di ricerca come periodo di prova per i metodi di notebook di laboratorio per trovare un approccio che funzioni per te. I criteri principali sono che è semplice e comodo da usare e facile da eseguire il backup. Detto questo, nessun singolo metodo è perfetto, quindi limitatevi a provare tre o quattro strumenti. Ho imparato nel modo più duro che lo svantaggio di sperimentare con un sacco di strumenti diversi è che i tuoi dati sono sparsi tra i notebook, il che può rendere molto difficile trovare quello che stai cercando.
– Colucci

Oltre a tentativi ed errori, ho imparato cosa dovrebbe andare nei miei appunti leggendo i quaderni degli ex membri del laboratorio e capendo cosa nella descrizione rendesse un esperimento più facile o più difficile da riprodurre. La mancanza di informazioni può essere molto frustrante e voglio rendere il follow-up dei miei esperimenti il più agevole possibile.
– Kitaoka

A condizione che tu non stia infrangendo alcuna regola, non aver paura di sviluppare il tuo modo di prendere appunti. Una delle istituzioni che ho visitato aveva le sue linee guida, ma poiché il mio approccio individuale stava funzionando per me, ho deciso di continuare con esso e tradurre il mio lavoro in un notebook conforme una volta alla settimana. Potrebbe sembrare un lavoro extra, ma per me, stava facendo questo o rischiando di smettere di usare il mio notebook da laboratorio in modo coerente, il che sarebbe stata una perdita maggiore per me, il mio laboratorio e persino per l’istituzione.

Può prima sembrare un lavoro di routine, ma tenere traccia di ciò che si sta facendo può essere un sollevatore di grande umore. Un progetto di ricerca è fatto di molti alti e bassi sperimentali, ma soprattutto bassi, quindi sentirsi un po ‘ blu e inutile è molto comune. Guardando indietro al vostro notebook permette di mettere le cose in prospettiva e rendersi conto di quanto si sta effettivamente ottenendo.
– Ferro