správné skladování vaječného salátu je klíčem k udržení jeho čerstvosti a poživatelnosti. Pokud je vaječný salát ponechán při pokojové teplotě jen dvě hodiny, pravděpodobně se u něj vyvinou bakterie a už nebude bezpečné jíst, říká Livin Paleo Cuisine. Ministerstvo zemědělství Spojených států navrhuje chladit vaječný salát v uzavřené, vzduchotěsné nádobě ihned po jeho výrobě při teplotě mezi 36 a 40 stupni Fahrenheita. (Pokud salát není utěsněn, zkazí se během jednoho nebo dvou dnů, i když je v lednici.) Skladování vaječného salátu při jakékoli teplotě mimo tuto prahovou hodnotu může přilákat nebezpečné bakterie, což znamená, že zmrazení je také riskantní.
vaječný salát by také neměl být v nádobě s jiným jídlem. Pokud ji nemůžete oddělit od jiných potravin — například pokud je v sendviči-je třeba přijmout zvláštní opatření, jako je zabalení celého sendviče do fólie před utěsněním v jiné vzduchotěsné nádobě v chladničce. Vzhledem k tomu, že je tak snadné, aby bakterie zapadly do složek ve vaječných salátech, je také nejbezpečnější, pokud se vyhnete konzumaci přímo z nádoby, ve které jste ji uložili. Tímto způsobem se můžete vyhnout přenosu bakterií z úst do salátu pomocí nádobí, které používáte.